След блажената кончина на Св. Йоан, славата му започнала да расте още повече. Хората от всякъде започнали да дохождат в Рилската пустиня, за да се поклонят пред св. му мощи, от които са ставали чудесни изцерявания от различни болести.
По едно време цар Петър изпратил ловджии в Рилската пустиня и им заръчал да видят Св. Йоан. Те, обаче, узнали за смърта на светеца и като се завърнали, обадили на царя, че Св. Йоан е починал, че те отишли на гроба му и видели, какви чудеса ставали там: Слепи проглеждали, хроми прохождали, болни се изцерявали.

Прочетете още: Пренасяне мощите на Св. Йоан в Средец

През 1183 г. София е била превзета от унгарците. Унгарският крал Бела III Наредил, мощите на Св. Йоан да бъдат пренесени в Унгария - в гр. Гран (ОСТЕРГОМ). Този град и сега съществува на брега на Дунава, северно от Будапеща. Там католическият владика не искал да се поклони на св. мощи, като заявил, че не му е известно такъв светия да е записан някъде в древните книги.
Изведнъж той онемял. Той разбрал причината за това, съзнал своя грях и побързал да отиде при мощите на Св. Йоан за да му се поклони и да изпроси прошка от него. Щом сторил това, веднага му се възвърнал езика. След тая случка, мощите на Св. Йоан са били върнати с голяма чест обратно в Средец.

След освобождението на България от гръцко иго и провъзгласяването на Търново за столица на Второто българско царство, цар Иван Асен I за даде по-голямо значение на новата си столица, заповядал там да бъдат пренесени Св. Мощи. Това е било извършено през 1195 г. Царят се разпоредил в Търново в местноста "ТРАПЕЗИЦА" да бъде изградена специална църква, в която са били тържествено внесени и поставени Св. Мощи.

Хората, които живеят в света, гледат скептично и даже отрицателно на монашеството, а особено пък на отшелничеството. Те смятат за осъдително бягането от живота и от работата в мира. Според техните разбирания всекии един човек може да бъде много по-полезен за човечеството, ако живее и работи в света. Но, че и монашеството  има свое предназначение, че и отшетлничеството има свое дълбоко религиозно оправдание, това го виждаме от живота и делото на Св. Йоан.
Че Св. Йоан допринесъл много повече на човечеството, отколкото един обикновен гражданин в мир - това е извън всякакво съмнение. Той не само че е дал пример за свят и благоугоден живот; не само е обединил около себе си последователи и основал манастира, който изиграл голяма роля през време на двойното ни политическо и духовно робство; не само че е основател на българското отшелничество - но той е покровител на българския народ, той е наш молитвеник и застъпник пред престола Божий!
Колко отпаднали духом са се притичали към него за духовна помощ и подкрепа; колко болни са били излекувани от Св. му мощи! Колко майки обричат на Св. Йоан децата си, за да ги запазят, когато са болни или когато не се задържат! ....
Даже и в наше време, време на маловремие и неверие, са ставали и стават велики знамения и чудеса при мощите на Св. Йоан. Вярата е крепила и крепи благочестивия ни народ и багодарение на вярата ни стават чудеса.