След блажената кончина на Св. Йоан, славата му започнала да расте още повече. Хората от всякъде започнали да дохождат в Рилската пустиня, за да се поклонят пред св. му мощи, от които са ставали чудесни изцерявания от различни болести.
По едно време цар Петър изпратил ловджии в Рилската пустиня и им заръчал да видят Св. Йоан. Те, обаче, узнали за смърта на светеца и като се завърнали, обадили на царя, че Св. Йоан е починал, че те отишли на гроба му и видели, какви чудеса ставали там: Слепи проглеждали, хроми прохождали, болни се изцерявали.

Царят като чул това се зардвал. Наскоро след това му се явил ангел на сън и му казал да изиска тялото на Св. Йоан за да бъде пренесено в гр. Средец  (СОФИЯ). При разкопаване на гроба тялото било открито нетленно и от него излизала хубава миризма. Тържествено мощите били пренесени и поставени в епископската църква в гр. Средец.
Пренасяне мощите на Св. Йоан в Средец изглежда е станало на 19 октомври ( Ст. стил), Поради това на тази дата започнали да празнуват паметта на Св. Йоан. Датата на блажената му кончина - 18 август е била забравена и на този ден само в Рилския манастир продължили да празнуват паметта на Св. Йоан.
В последствие със средствата на един благочестив чужденец Грудас е била изградена една хубава камена църква, посветена в чест на светеца, до която църква се намирал и манастира. В тази именно църква са били настанени мощите на Св. Йоан. Тук от мощите са ставали много и големи чудеса.
Георги Скилица, грък по народност, секретар на византийския император Мануил Комнин ( 1143 - 1180г.) в житието на Св. Йоан, написано от него като благодарност към светеца за полученото изцерение, разправя за няколко чудеса, за които той е бил очевидец. Самият император, който имал силно натъртване в мускулите на ръката, получил изцеряване, след като дошъл да се помоли и да се поклони пред мощите на Св. Йоан и средецкият епископ го помазал с елей от кандилото, което горяло при светите мощи.